Bei Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse kommt es zu einer Wechselwirkung zwischen Rezeptoren an den Zellwänden und Antikörpern im Blut. Das Andocken der Antikörper löst das  Krankheitsgeschehen aus.
Rezeptoren an der Zelloberfläche 
der Schilddrüse
Antikörper dockt an den Zellrezeptoren an 
Antikörper im Blut
 Im Falle der Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse werden unterschiedliche Antikörper wirksam: Stimulierende Antikörper lösen die Autoimmunhyperthyreose aus, den Morbus Basedow. Zerstörende Antikörper führen zur chronischen Immunthyreoiditis Hashimoto.

Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse können von Autoimmunerkrankungen anderer Organe begleitet werden. Ob dabei genetische Faktoren eine Rolle spielen, ist noch umstritten.

Die Regulation der Immunantwort unterliegt einer komplexen Steuerung durch zelluläre und humorale Mechanismen.

Autoimmunerkrankungen der Schilddrüse können zusammen mit Autoimmunerkrankungen anderer Organe oder Organsysteme auftreten, man spricht dann von einem "Polyglandulären Autoimmun-Syndrom".